Η κολονοσκόπηση είναι μια εξέταση με την οποία μπορούμε να δούμε το εσωτερικό τοίχωμα του παχέος εντέρου και του τελικού τμήματος του λεπτού εντέρου (ειλεός). Αποτελεί την εξέταση εκλογής (gold standard) σε σκύλους και γάτες που εμφανίζουν συμπτώματα όπως δυσχεζία, αιματοχεζία, τεινεσμούς (επαναλαμβανόμενη προσπάθεια αφόδευσης), χρόνια διάρροια παχέος εντέρου με αύξηση της συχνότητας των κενώσεων, πολτώδους σύστασης κόπρανα, παρουσία αίματος και βλέννης.

Απαιτεί μια τριήμερη προετοιμασία με ειδική δίαιτα, λήψη καθαρτικών και υποκλεισμούς ώστε να γίνει σωστός καθαρισμός του εντέρου. Απαιτείται η άρτια συνεργασία του κηδεμόνα του ασθενούς ζώου και του κτηνιάτρου ώστε να διασφαλιστεί το σωστό αποτέλεσμα. Το είδος της προετοιμασίας τροποποιείται και εξατομικεύεται ανάλογα με το είδος, την ηλικία του ζώου, τα συνυπάρχοντα νοσήματα.
Η εξέταση γίνεται υπό γενική αναισθησία με διασωλήνωση, παρουσία εξειδικευμένου αναισθησιολόγου και αφού έχει προηγηθεί αιματολογικός, βιοχημικός, απεικονιστικός έλεγχος και κοπρανολογικές εξετάσεις. Διαρκεί συνολικά μισή με μία ώρα, συμπεριλαμβανομένης της διαδικασίας λήψης βιοψιών. Ο σκύλος/γάτα ανανύπτει πλήρως και την ίδια μέρα παραλαμβάνεται από τους κηδεμόνες του.
Μετά την κολονοσκόπηση, προκειμένου να αποκατασταθεί η ομαλή λειτουργεία του εντέρου, πρέπει να γίνει σταδιακή μετάβαση στην επανασίτιση του ζώου. Την ημέρα της κολονοσκόπησης και αφού έχουν παρέλθει τουλάχιστον 6 ώρες από τη γενική αναισθησία, χορηγείται μικρή ποσότητα τροφής υψηλής πεπτικότητας υπό μορφή κονσέρβας. Τις επόμενες 2 ημέρες ακολουθείται μια δίαιτα με συχνά και μικρά γεύματα, αυξάνοντας σταδιακά την ποσότητα της προσλαμβανόμενης τροφής. Το είδος της τροφής καθορίζεται από τη φύση του υπό διερεύνηση νοσήματος.

• Ιδιοπαθής φλεγμονώδης νόσος παχέος εντέρου– υπεραιμία, διαβρώσεις, έλκη, κοκκιωματώδης όψη βλεννογόνου, ευθρυπτότητα βλεννογόνου, εξαφάνιση τριχοειδών υποβλεννογόνιας στιβάδας. (λεμφοπλασμοκυτταρική, εωσινοφιλική, πυοκοκκιωματώδης)
• Τριχουριδική κολίτιδα– εντοπίζονται στον αυλό τα ενήλικα παράσιτα
• Ιστιοκυτταρική ελκωτική κολίτιδα – έντονη εξέλκωση του βλεννογόνου του παχέος εντέρου. Αποδίδεται σε ισχυρά παθογόνο, ενετεροδιηθητικό στέλεχος του βακίλου E.coli (AIEC).
• Νεοπλάσματα παχέος εντέρου– αδενωματώδεις πολύποδες, λειομυώματα, αδενώματα, λέμφωμα, αδενοκαρκίνωμα, καρκινοειδή π.εντέρου, λειομυοσάρκωμα, ινοσάρκωμα, οστεοσάρκωμα in situ. Παρατηρούνται ανώμαλες κοκκιωματώδους όψης αιμορραγικές στενώσεις του αυλού που καταλαμβάνουν όλη την περιφέρειά του.
• Στενώσεις του αυλού του π.εντέρου, πρωκτού