Η οισοφαγοσκόπηση αποτελεί διαγνωστική εξέταση επιλογής σε σκύλους και γάτες που εμφανίζουν σιελόρροια, αναγωγές ( όταν δηλαδή βγάζουν την τροφή τους άπεπτη όπως την έχουν καταναλώσει), οισοφαγοδυνία (πόνο κατά την κατάποση της τροφής), πτυαλισμό, δυσφαγία με έκταση του τραχήλου, ανορεξία. Η οισοφαγοσκόπηση αντενδείκνυται για τη διάγνωση νοσημάτων που προκαλούν διαταραχή της κινητικότητας του οισοφάγου, καθώς υπάρχει αυξημένος κίνδυνος εισρροφητικής βρογχοπνευμονίας.

• Οισοφαγίτιδα μετά από γαστρο-οισοφαγική παλλινδρόμηση GERD

• Οισοφαγίτιδα μετά από πρόσφατο αναισθητικό επισόδειο πχ στείρωση

• Οισοφαγίτιδα μετά την κατάποση ερεθιστικών-καυστικών ουσιών
• Ενδοαυλική στένωση οισοφαγικού αυλού και δημιουργία ινώδους δακτυλίου
• Εξωαυλική στένωση οισοφαγικού αυλού (Παραμένον δεξί αορτικό τόξο, λέμφωμα οπίσθιου μεσοπνευμονίου)
• Ξένα σώματα στον αυλό του οισοφάγου

• Μεγαοισοφάγος- χαλαρή διάταση του αυλού του οισοφάγου εκκτεινόμενη από την τραχηλική μοίρα ως και τον κάτω οισοφαγικό σφιγκτήρα και συσσώρευση/στάση τροφών στον οισοφάγο.

• Εκκολπώματα οισοφάγου
• Γαστρο-οισοφαγικός εγκολεασμός – είσοδος τμήματος ή όλου του στομάχου στη θωρακική μοίρα του οισοφάγου
• Νεοπλασίες οισοφάγου